家蚕基因组数据库更新版(SilkDB3.0)上线 王翊教授课题组发布最新研究成果

2019-12-13 08:41:34

近日,西南大学蚕丝科学与技术研究团队的王翊教授课题组在生物领域国际顶级期刊《Nucleic Acids Research》(《核酸研究》IF: 11.561)在线发表了题为“SilkDB 3.0: visualizing and exploring multiple levels of data for silkworm”(家蚕基因组数据库3.0:可视化整合分析家蚕的多组学数据)的原创性研究论文,公布了家蚕基因组数据跟新版SilkDB3.0,并同时发布了一个家蚕的多组学数据分析并生成可视化结果的在线平台SilkDB 3.0。这是家蚕功能基因组大数据分析团队在开发OrthoVenn2后,半年内发表的第二篇高水平生物信息学文章。

家蚕(Bombyx mori)是一种重要的经济昆虫,也是鳞翅目的代表,具有昆虫学研究和遗传学分析的重要价值,整合家蚕多组学数据并进化可视化展示对家蚕研究具有重要意义,团队将SilkDB更新到了3.0版本,该版本与以前的版本相比具有实质性的性能改进,包括搜索多组学数据,可视化界面和更多的工具,王翊教授领衔师生具体完成了SilkDB3.0的设计与维护。

SilkDB3.0版本的发布,标志着学校家蚕基因组学研究全面进入多组学时代,对未来的家蚕研究具有重要的基础性支撑意义。自数据库上线以来,受到国际国内同行的广泛关注。新版本中,基因组的组装质量得到显著提高,包含重新注释的编码基因以及大量转录组数据,可用于探索家蚕基因在不同组织中的表达。该数据平台还包含了来自不同地理位置的163个家蚕和野蚕样品的泛基因组数据,从而能更全面地描述家蚕的遗传变异(单核苷酸多态性和插入缺失)。同时,平台还提供了家蚕六种不同组织的Hi-C数据,以帮助理解基因调控机制。

西南大学为该论文成果的唯一完成单位,大数据工程师鲁方和硕士二年级学生魏昭渊为论文的第一作者,王翊教授为论文的通讯作者。SilkDB1.02.0版第一和通讯作者夏庆友教授为本文的作者之一,参与了3.0版本的研发,并在数据库顶层设计和运算要求上发挥了重要作用,使得数据保持了既往优势。文章同时致谢生物大数据分析团队的成员和为该研究作出贡献的所有参与者。

该项研究得到了国家自然科学基金委面上项目、中央高校团队培育项目、西南大学生物学“双一流”建设项目以及“聚贤工程”人才启动项目等基金资助。王翊教授还受到国家海外高层次人才青年项目以及重庆市留学生创新创业计划项目支持。